Loam Papers — 論文ダイジェスト

必須アミノ酸トリプトファンは、腸内細菌によってインドール類などのシグナル分子へ変換され、腸バリアや免疫に関わる。トリプトファン代謝の3経路と腸内細菌の役割を、Cell Host & Microbeの総説から読み解く。

腸の粘液層に棲み、ムチンを分解して他の菌を養うAkkermansia muciniphila。その生物学・生態・宿主との関わり・次世代プロバイオティクスとしての可能性を、Nature Reviews Microbiologyの総説から読み解く。

Nature 2011。複数国の糞便メタゲノムを解析し、ヒトの腸内細菌叢が Bacteroides / Prevotella / Ruminococcus に偏る3つの『エンテロタイプ』に分かれることを提唱。国籍・年齢・BMIでは説明できない、安定した腸の類型概念の出発点となった論文を読み解く。

発酵食品をひとつの微生物生態系として捉え、菌の遷移・競争・協働（クロスフィーディング）や環境による群集形成を整理したNature Reviews Microbiologyの総説。土・腸・発酵をつなぐ「生態学」を読み解く。

無菌マウスと通常マウスを比べたBäckhed 2004年PNAS論文を解説。腸内細菌が宿主の脂肪蓄積を左右するという発見を、土壌微生物のアナロジーとともに科学的根拠ベースで読み解く。

腸内細菌はエストロゲンの代謝・再循環に関わり、その遺伝子群は「エストロボローム」と呼ばれる。エストロゲン‑腸内細菌軸の仕組みと意義を、研究の射程を明示して読み解く。

難消化性デンプン（レジスタントスターチ）はRS1〜RS4の4タイプに分かれる。各タイプの構造・由来・大腸での発酵性のちがいを、Birtら2013年のレビューをもとに土壌のアナロジーで読み解く。

抑制性の神経伝達物質GABAを、腸内細菌や発酵食品が作る「ポストバイオティクス」として捉え、腸‑脳軸での役割を整理した総説。発酵・菌・脳をつなぐ分子を、研究段階の知見として読み解く。

西洋型の食事と心の不調の関連、そこに腸内細菌と炎症が介在する可能性を整理したNutrients誌のレビュー。食事と心はどうつながるのか、研究の射程を明示しつつ腸‑脳の視点で読み解く。

複雑炭水化物（食物繊維）と腸内細菌が、COPDモデルで肺の炎症から守る方向に働いたGut誌の研究。糞便移植で保護が移ることも示した「腸‑肺軸」を、動物・疫学データの射程を明確にしつつ読み解く。

Nature 2015、Buffie らの精密マイクロバイオーム再構成。抗菌薬で崩れた腸から特定の1菌（Clostridium scindens）を戻すと、胆汁酸代謝を介してC. difficileの定着抵抗性が回復するという機序を、土壌生態系のアナロジーで読み解く。

Gut誌2015。プロピオン酸を大腸へ標的送達するイヌリン・プロピオン酸エステル(IPE)を用いたヒトRCT。急性投与でPYYとGLP-1が増え摂食量が減り、24週投与で体重増加と内臓脂肪・肝脂肪の蓄積が抑えられたと報告された。

178人の高齢者を調べたNature誌のELDERMET研究。腸内細菌の多様性が食事と住環境で変わり、その違いがフレイル・炎症・栄養状態と結びついていた。加齢と腸の関係を決定づけた古典を、研究の射程を明示して読み解く。

肝臓が作る胆汁酸を腸内細菌が作り変え、その産物が代謝や免疫のシグナルとして働く。胆汁酸と腸内細菌の双方向の相互作用を整理したNature Reviews Microbiologyの総説を読み解く。

食物繊維・タンパク質・脂質・食品添加物が腸内細菌叢にどう影響するかを整理した総説。何を食べるかが腸の生態系をどう変えるのか、短鎖脂肪酸を軸に研究の全体像を読み解く。

母乳に含まれるオリゴ糖（HMO）や微生物が、乳児の腸内細菌叢の立ち上げと免疫の発達にどう関わるかを整理したJ Allergy Clin Immunol誌の総説。人生最初の微生物生態系の形成を、研究知見として読み解く。

天然のポリアミン・スペルミジンが、オートファジー（自食作用）を介して心臓を守り、マウスの寿命を延ばしたNature Medicine誌の研究。腸内細菌もスペルミジンの供給源という視点から、食と微生物の関係を理系的に読み解く。

21,561人を解析し、ヴィーガン・ベジタリアン・雑食それぞれに固有の腸内細菌シグネチャがあることを示したNature Microbiology誌の大規模研究。食事パターンと菌、健康指標の関係を読み解く。

赤ちゃんの腸内細菌はどこから来るのか。Ferretti 2018(Cell Host & Microbe)は25組の母子を追跡し、皮膚や産道ではなく母の腸由来の菌株こそが定着・継承されると示した。土から作物への種つけになぞらえて読む。

双子1000人超を比べたGoodrich 2014年Cell論文を解説。Christensenellaceaeが『最も遺伝率の高い腸内細菌』であり、痩せ型の人に多いという発見を、土壌微生物のアナロジーとともに科学的根拠ベースで読み解く。

生きていない微生物やその成分「ポストバイオティクス」を、慢性的な下痢の若年成人で検証したクロスオーバーRCT。症状・腸内細菌・代謝物の変化を、研究の射程を明示しつつ読み解く。

Cell Metabolism 2021 レビュー。宿主の体内時計と腸内細菌叢はどちらも日周リズムを持ち、食事の内容とタイミングを介して同期する。クロノニュートリション（時間栄養学）の生物学的基盤を整理した一本。

低FODMAP食はIBSの症状緩和に使われるが腸内細菌にも影響する。HalmosらがGut誌で示したのは、FODMAPを減らすと総菌数や酪酸産生菌が減る発酵の縮小だった。土壌の有機物と分解菌の関係になぞらえ、その意味と射程を読み解く。

メンデルランダム化という遺伝情報を使った手法で、特定の腸内細菌と長寿の因果的な関連を調べたBMC Microbiology誌の研究。相関を超えて因果に迫る設計の意味を、研究の射程を明示しつつ読み解く。

日本人の腸内細菌が海洋細菌から「海苔を消化する遺伝子」を水平伝播で獲得していた——Hehemann 2010(Nature)の発見を、食と微生物が遺伝子を共有する仕組みとして解説する。

Molecular Metabolism 2016。Heiman & Greenway は、食の単一化が腸内細菌の多様性を痩せさせ、多様な食事こそ豊かな腸内生態系を支えると論じた。土壌の輪作と腸活を重ねてLoam視点で読む。

Nature 2012、ヒトマイクロバイオームプロジェクト（HMP）の基盤論文。健康な成人242名・全身の部位を網羅した大規模調査が示した『菌種は人ごとに違っても、代謝機能は揃う』という原理を解説する。

Nature Communications 2019。発酵茶プーアルの色素テアブラウニンが腸内細菌のBSH活性を抑え、胆汁酸代謝を介して血中・肝臓のコレステロールを下げる経路を、マウスと少数のヒトで示した研究を解説する。

J Agric Food Chem 2023。ザクロやベリーのエラグ酸をウロリチンへ変換する腸内細菌を特定。Gordonibacter・Ellagibacter・Enterocloster の『分業リレー』が代謝型(UM-A/UM-B)を決めることを共培養で再現した研究を解説。

発酵食品から微生物タンパク・精密発酵まで、微生物由来の食品がヒトの健康と地球環境の双方に資する可能性を整理したCell誌の総説。腸活と持続可能性を結ぶ「微生物食品」の射程を読み解く。

大麦・オーツ麦のβ-グルカンがコレステロールを下げる仕組みを、粘性・胆汁酸・腸内細菌の3層で整理。Frontiers in Nutrition掲載のJoyceらの総説(2019)をもとに、Soil=Gutの視点で読み解く科学解説。

世界で最も研究されたプロバイオ株Lactobacillus rhamnosus GG。Kankainenら(2009)はそのゲノムから、ヒト腸粘液に結合する『SpaCBAピリ(線毛)』という付着装置を発見した。なぜLGGは腸に長くとどまれるのか、その分子的な答えを土壌微生物の視点から読む。

酪酸産生菌Roseburia intestinalisは食物繊維と組み合わさって初めて働く。Kasaharaら2018年のNature Microbiology論文を軸に、菌・繊維・代謝の三者関係を土壌アナロジーで読み解く。

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology 2016。Khoruts & Sadowsky による糞便微生物移植（FMT）の作用機序と臨床適用の総説を解説。なぜ「他人の生態系を丸ごと移す」治療が再発性C. difficile感染症に劇的に効くのか、その原理を土壌の生態系修復のアナロジーで読み解く。

Cell Mol Immunol 2021の総説。腸内細菌が食物繊維を発酵して作る酢酸・プロピオン酸・酪酸が、HDAC阻害とGPRシグナルの二経路でTregを含むリンパ球を文脈依存的に制御する仕組みを俯瞰する。

妊娠後期になると腸内細菌の多様性が下がり、母体は軽い代謝変化を示す。Koren 2012(Cell)は、妊娠を通じた腸内環境の再編成を描いた古典的研究。土壌生態系の遷移になぞらえて読み解く。

Cell Metabolism 2015。大麦全粒パンで血糖応答が改善する人としない人を分けたのは腸内のPrevotellaの量だった。食物繊維への反応に個人差が出る仕組みを、土壌の菌叢と作物の関係になぞらえてLoam視点で読む。

口腔の細菌が腸へ移行し、腸内環境に影響しうる「口腔‑腸軸」。消化管の上流である口の生態系が下流の腸とどうつながるかを、Nature Reviews Microbiologyの総説から読み解く。

アブラナ科野菜のグルコシノレートは、それ自体では効かない「前駆体」。腸内細菌B. thetaiotaomicronがそれを活性物質に変える酵素経路を特定したLiou 2020(Cell)を、土と腸のアナロジーで解説する。

Gut誌2016。重症アルコール性肝炎患者の便を無菌マウスに移植すると、同じ量の酒でも肝障害が重くなった。腸内細菌の個人差が「酒で肝臓を壊しやすいか」を左右しうることを示した研究を、腸漏れと土壌アナロジーで読む。研究段階の知見として射程を明示。

Genome Medicine 2016の総説。健康な微生物叢を『特定の菌の集合』ではなく、機能の共有・冗長性・撹乱への回復力という生態系の性質で捉え直す。多様性とは何かを科学的に整理した基準的レビュー。

慢性腎臓病で蓄積する尿毒症毒素の一部は、腸内細菌がタンパク質を分解して作る。インドキシル硫酸やp-クレシル硫酸の由来と、食事による腸内環境の調整という考え方を、Nature Reviews Nephrologyの総説から読み解く。研究段階の知見として整理する。

256種の腸内細菌のゲノムを調べると、各B群ビタミンを合成できるのは4〜6割。作れない菌は作れる菌から受け取る——B群ビタミン合成と菌どうしの協働を解析した研究を読み解く。

腸内細菌の乱れが、ニキビ・アトピー・乾癬などの肌の状態と関連するとされる「腸‑皮膚軸」。その機序と、食事・プロバイオティクスによる調整の研究をGut Microbes誌の総説から、射程を明示して読み解く。

食物繊維といっても水溶性・不溶性の二分法では語れない。発酵性こそが鍵だ。Makkiらのレビューをもとに、繊維の構造・腸内細菌の分業・SCFA産生の機序を、土壌の有機物分解になぞらえて解説する。

ヒト腸内で優勢なBacteroides属は、複雑な多糖を分解するための遺伝子セット「多糖利用遺伝子座（PUL）」を多数備える。デンプン利用系Susをモデルに、腸内細菌の繊維分解戦略を高被引用の総説から読み解く。

腸内細菌叢は1日の中で変動し、睡眠や体内時計の乱れがその変動を崩しうる。睡眠・概日リズムと腸内細菌の双方向の関係を整理したSleep Medicine Reviews誌の総説を読み解く。

Nature 2008。Bacteroides fragilis が作る多糖A（PSA）が、IL-10産生T細胞を介して腸の炎症を抑えることを示した論文。単一の細菌分子が宿主の免疫バランスを調律しうることを実証した、共生免疫学の金字塔を有機農家の視点で読む。

McFarldら(2018)はFrontiers in Medicineで、プロバイオティクスの効果が菌株ごと・疾患ごとに大きく異なることを系統的レビューとメタ解析で実証した。25種の製剤を9つの適応で比較したこの一本を、土壌微生物の視点から読み解く。

同カロリーでも地中海食に8週間切り替えると、血中コレステロールが下がり腸内細菌叢と代謝物が変化した。摂取エネルギーと独立した「食の質」の効果を示したGut誌の介入研究を読み解く。

難消化性のレジスタントスターチを4ヶ月足すと、非アルコール性脂肪性肝疾患の患者で肝臓の中性脂肪が減った。体重変化と独立し、腸内細菌の変化が介在していたCell Metabolism誌のRCTを読み解く。

食事の鉄が多いか少ないかで、腸内細菌と宿主の関係が協調から競合へ切り替わる——Gut Microbes 2024の研究を解説。鉄が豊富なときは菌が貯蔵を助け、不足時は吸収を抑えうる双方向の駆け引きを、研究の射程を明示しつつ読む。

便を運ぶ腸の蠕動運動は、腸内細菌が腸の神経を「調律」することで保たれる。Obata 2020（Nature）は、AHRという受容体が腸管神経の中で微生物環境を感知するセンサーとして働き、腸の収縮を制御することをマウスで示した。

Nature Microbiology 2018。Palleja らは健康な成人12名に最終手段クラスの抗菌薬3剤を4日間投与し、半年間の腸内細菌叢の崩壊と回復を追跡した。腸内細菌叢は約1.5ヶ月で近似的に回復する一方、9種は180日後も多くで検出されず、耐性遺伝子（レジストーム）が回復過程を左右したと報告する。

インド農村部の新生児4500人超を対象にした二重盲検RCTで、乳酸菌＋オリゴ糖（シンバイオティクス）が敗血症と関連する指標を減らしたと報告された。シンバイオティクスの科学を、土壌に菌と餌を同時施用する視点から読み解く。

Gut 2020の総説。腸を覆うムチン粘液層は腸内細菌との「ぬるぬるした共生」で維持される。繊維と細菌、ムチン産生、Akkermansiaの両義性まで、粘液バリアの維持機構を体系的に整理した高被引用レビューを解説する。

発酵食品に潜みうるバイオジェニックアミン・カビ毒・有害菌などのリスクと、適切な発酵・衛生管理でそれを抑える方法を整理した総説。発酵食を腸活に活かすための「安全の前提」を読み解く。

Qin 2012(Nature)は2型糖尿病患者345名のメタゲノムワイド関連解析で、酪酸産生菌の減少と日和見菌の増加という腸内細菌の偏りを報告した。土壌生態と重ねて、関連の段階で何が分かったかを解説する。

腸内細菌叢を調べる二大手法、16S rRNA解析とショットガンメタゲノミクス。何がどこまで分かり、何が分からないのか。高被引用の総説Quince 2017（Nature Biotechnology）を軸に、サンプリングから解析までを整理する教育記事。

腸内細菌を含む指標から食後血糖を予測し、個人に最適化した食事を設計するアルゴリズム。新規2型糖尿病でのパイロットRCTを、研究の射程を明示しつつ読み解く。万人向けの「正解食」を問い直す一本。

現代人の食物繊維摂取は推奨量に届かない。ReynoldsらのLancetメタ解析は『1日25〜29g』という目標を疫学的に示した。摂取ギャップの正体と背景を、土壌の有機物欠乏になぞらえて解説する。

腸内には細菌だけでなく真菌（カビ・酵母）も棲む。その全体像「マイコバイオーム」の解析法・環境との相互作用・消化器疾患との関わりを、Nature Reviews Gastroenterology & Hepatologyの総説から読み解く。

パーキンソン病は腸から始まるのか——腸内細菌の乱れ、便秘という前駆症状、迷走神経を介した病理の伝播仮説を整理した総説。あくまで研究段階の知見として、腸‑脳のつながりを慎重に読み解く。

ISAPPの中心メンバーSandersらがGut Microbes 2010年に発表した安全性総説を読む。長い食経験の一方で、生きた菌ゆえのリスクと評価の空白を整理し、誰にとって安全で誰が注意すべきかを土壌微生物の視点から考える。

ISAPP中心メンバーによるNat Rev Gastroenterol Hepatol 2019年の総説を読む。プロバイオティクスがどう働くのか、なぜ「万能」ではないのか。株特異性と適応特異性という二つの鍵を、土壌微生物の視点から整理する。

腸内細菌は胆汁酸を作り変え、受容体FXRを抑える『天然の阻害物質』を減らす。その結果FXRシグナルが働き、肝臓の胆汁酸合成にブレーキがかかる。無菌マウスとの比較で機序を示したCell Metabolismの古典を読む。

亜鉛が腸のバリア機能・免疫・腸内細菌叢にどう関わるかを整理した総説。微量ミネラルと腸の双方向の関係、亜鉛が摂れる食品と発酵の役割を、研究の射程を明示しつつ読み解く。

マラソン後にVeillonellaが増える――エリート選手の腸を解析したScheiman 2019(Nature Medicine)は、運動で生じた乳酸を腸内細菌がプロピオン酸に変える経路を示した。土↔腸のアナロジーで読み解く。

乳児の腸を占めるビフィズス菌B. infantisのゲノムを解読したPNAS誌の論文。母乳オリゴ糖を食べるための専用遺伝子群が並ぶ姿から、この菌の一生と役割を研究知見として読み解く。

腸内には1兆を超えるウイルスが棲み、その大半は細菌に感染するバクテリオファージ。細菌叢を陰で制御する「ファージオーム」の全体像と解析の難しさを、Cell Host & Microbeの総説から読み解く。

PNAS 2008。クローン病患者の腸内細菌解析から、主要な酪酸産生菌 Faecalibacterium prausnitzii が抗炎症作用を持つことを示した古典的論文。分泌代謝物がNF-κBを抑え、マウス大腸炎を和らげた経緯を科学的根拠ベースで解説する。

産業化社会の腸内細菌叢は、伝統的な暮らしを続ける人々や産業化以前のヒトに比べて多様性が低く、特定の菌系統が消えている。その差を生んだ要因と健康への含意を論じた Nature Reviews Microbiology 2019 のレビューを、有機農家の視点で読み解く。

クロストリジウム属の腸内細菌が、食物アレルゲンの体内侵入を抑え感作を防ぐ——マウス実験でその仕組みを示したPNASの代表的論文を、土壌のアナロジーで読み解く。乳児期の微生物曝露と免疫の研究段階の知見を整理する。

インドネシア生まれの発酵大豆テンペを、発酵の仕組み・栄養・持続可能性まで包括的に整理した総説。カビの発酵が大豆をどう変えるのか、土の分解者になぞらえて読み解く。

腸内細菌叢は1日の中で組成も棲む場所も振動する。その振動は食事のタイミングで生まれ、乱れると宿主の代謝に影響する。微生物日内リズムの分子機構を示したCell誌の重要論文を読み解く。

腸と肝臓は門脈で直結し、腸内細菌・代謝物・胆汁酸が双方向にやり取りしている。腸のバリアが緩むと細菌の成分が肝臓に流れ込み炎症を煽る——腸‑肝臓軸を整理したCell Metabolismの総説を読み解く。

Tremaroli 2015(Cell Metabolism)は、減量手術の約9年後でも腸内細菌叢が変化したまま維持され、その細菌叢を無菌マウスに移植すると体脂肪蓄積が減ったと報告した。土壌のかく乱と再編になぞらえて、研究段階の知見を慎重に解説する。

Turnbaugh 2006(Nature)は、肥満マウスの腸内細菌叢が食事からエネルギーを多く回収する能力を持ち、その性質が無菌マウスへ移植可能であることを示した古典。土壌の分解者になぞらえて解説する。

食物繊維サプリは便通に効くのか。16のランダム化比較試験・1251人を統合したメタ解析（van der Schoot 2022, AJCN）を、効果の大きさ・最適な量と期間・副作用まで出典付きで読み解く。

適度な運動が腸内細菌の多様性や短鎖脂肪酸を作る菌を増やしうる一方、腸内細菌も代謝やパフォーマンスに影響する。運動と腸の双方向の関係を整理したNutrients誌の総説を読み解く。

無菌マウスと通常マウスの血液を網羅的に比較したPNAS 2009年の古典的研究。血中代謝物のおよそ1割が腸内細菌の影響下にあり、腸が体全体の化学組成を左右することを示した。

体内セロトニンの大半は腸で作られる。Yano 2015（Cell）は、芽胞形成菌が代謝物を介して腸クロム親和細胞のセロトニン産生を促すことを無菌マウス実験で示した。腸内細菌と宿主の物質産生の関係を読み解く。

プレバイオティクスの定義・種類・作用機序を整理した2024年のレビュー論文を解説。なぜ食物繊維やオリゴ糖が「腸の肥料」として働くのか、短鎖脂肪酸を軸に研究の枠組みを読み解く。

271種の経口薬のうち約3分の2が、ヒトの腸内細菌によって化学的に作り変えられた。薬効・副作用の個人差に菌叢が関わる「pharmacomicrobiomics」の基礎を築いたNatureの大規模スクリーニングを読み解く。

Food Research International 2021。食事由来ポリフェノールが腸内細菌叢・代謝物・宿主健康に及ぼす影響を総説。プレバイオティクス的な側面と、腸内細菌による代謝変換の双方向を整理した。

Nature Medicine 2021。PREDICT 1 試験（英米 1,098 人、メタゲノム × 詳細な食事 × 食後代謝応答）により、腸内細菌組成が個人の食後血糖・脂質応答と強く関連し、健康的／非健康的な食事指標の菌マーカーを同定した研究。

Cellular and Molecular Life Sciences 2018。腸内細菌が作る代謝物（SCFA、TMAO、二次胆汁酸、インドール誘導体など）が、心血管疾患・2型糖尿病・肥満とどう関わるかを整理した総説。『ポストバイオティクス』という概念を臨床的な文脈で扱った初期の重要レビュー。

Gut 2016。イタリア人153人の食事・腸内細菌叢・代謝物を同時測定。地中海食への高アドヒアランスは、糞便SCFAの増加と植物性食品を好む菌（Prevotella など）の優位と関連した。

Ageing Research Reviews 2022。加齢に伴う慢性低グレード炎症『inflammaging』の機序、栄養パターン（地中海食・カロリー制限・断食・ポリフェノール）による介入可能性を俯瞰したレビュー。

Geriatrics 2024。加齢に伴う腸内細菌の変化、フレイル・サルコペニア・認知機能低下との関連、介入可能性（食事・プロバイオティクス・運動）を整理した高齢者領域のレビュー。

Best Pract Res Clin Gastroenterol 2025。クローン病・潰瘍性大腸炎における食事因子の病因関与、活動期の食事管理、寛解維持のための食事戦略を網羅的に整理したレビュー。

Gut 2020。欧州5ヶ国612人の65歳以上を対象にした NU-AGE 試験。1年間の地中海食介入で、虚弱（フレイル）・認知機能の改善と、炎症マーカー（CRP・IL-17）の低下に一致する腸内細菌の変化が確認された。虚弱関連菌はネットワーク周縁、食事で増える菌はキーストーン位置を占めた。免疫老化と腸内細菌をつなぐ大規模介入研究。

Gut Microbes 2023。スペインの大規模地中海食介入試験 PREDIMED-Plus の297人サブ解析。1年間の地中海食＋運動介入で肝脂肪化スコア（HSI）と線維化スコア（FIB-4）が改善した群では、Akkermansia を含む腸内細菌の構成変化が同時に観察された。非アルコール性脂肪肝（NAFLD）と腸内細菌のつながりを、ヒトの介入研究で示した一本。

Cell Death & Disease 2023。マウスDSS 大腸炎モデルで、クロロゲン酸・フェルラ酸・カフェ酸・エラグ酸の4つのフェノール酸を比較。マクロファージ欠損や腸内細菌除去、糞便微生物移植（FMT）を組み合わせ、各ポリフェノールが別々の経路（マクロファージ・好中球・微生物代謝物）で炎症を抑えることを示した。エラグ酸はウロリチンA を介し IL-22 依存的にバリア機能を強化。

Gut Microbes 2024。過体重・肥満の男女37人に EGCG（緑茶）＋レスベラトロール（ブドウ）を12週間投与。腸内細菌組成の男女差が大きく、Akkermansia は女性でより豊富。ベースラインの腸内細菌プロファイルから、介入による代謝改善を予測できたのは男性のみ。精密栄養学の観点で重要な RCT。

Nutrients 2022。発酵食品が腸内細菌叢とどう相互作用するかを、発酵タイプ別・食品マトリクス別・生菌と非生菌成分別に整理した総説。『発酵食品は人類の食の1万年の伝統』という視点から、現代のメタゲノム研究までをつなげた一本。

Compr Rev Food Sci Food Saf 2021 レビュー。コーヒー・全粒・果実に多いヒドロキシケイ皮酸類（クロロゲン酸・フェルラ酸・カフェ酸等）が腸内細菌によって代謝され、逆に腸内細菌組成を修飾する双方向作用をまとめた。

Frontiers in Nutrition 2022。発酵食品の定義の整理に始まり、心血管疾患・2型糖尿病・メタボリックシンドロームとの関連を、疫学研究とメカニズムの両面からレビュー。『発酵食品は心代謝に良いか』の現時点の答えを、欧州研究者視点で整理。

Nature Metabolism 2024。過体重・肥満37人を対象にしたクロスオーバーRCT。難消化性デンプン（RS）を8週間補充すると、平均2.8kgの体重減少とインスリン感受性改善が見られ、Bifidobacterium adolescentis の増加と関連した。

Acta Diabetologica 2023 レビュー。肥満と2型糖尿病が合併した『ダイアベシティ』の病態を、微生物-腸-脳軸（MGBA）の視点から整理。迷走神経と GLP-1 が食欲制御の鍵で、腸内細菌が神経系・内分泌系・免疫系を介して食行動と代謝をコントロールする経路を包括的に解説。

Crit Rev Food Sci Nutr 2020。レスベラトロール・クルクミン・ケルセチン・ゲニステイン・エラグ酸等の主要ポリフェノールの薬物動態と、微生物由来代謝物（ユロリチン・エクオール等）の生物活性を整理した総説。

Antioxidants 2021 レビュー。ポリフェノールが腸内細菌をどう変えるか、腸内細菌がポリフェノールをどう変えるか、その双方向性を整理した総説。『ポリフェノールは効く』の前に、『菌が代謝して初めて効く』という視点を提供する一本。

Cancer Discovery 2022。カムカムベリー由来のポリフェノール『カスタラギン』が、腸内細菌を介して抗PD-1免疫チェックポイント阻害剤への応答性を高めた。Ruminococcus bromii への直接結合という新規機構を示唆。

Nature 2024。肝臓の門脈周囲に住む免疫抑制型マクロファージ（Marco+）は、腸内細菌 Odoribacteraceae が作る二次胆汁酸（イソアロリトコール酸）で誘導される。このシステムが壊れると PSC や NASH のような肝炎症性疾患が悪化する。腸菌代謝物が肝免疫を制御する『ポストバイオティクス』の鮮やかな事例。

F1000Research 2019。地中海食と腸内細菌の相互作用が心血管疾患・大腸がん・神経変性疾患のリスク低下にどう関わるかを、最新の機構研究と疫学から整理したレビュー。

International Journal of Molecular Sciences 2020 レビュー。ウコンのクルクミンは吸収率が極めて低いのに、神経保護・抗炎症など広範な効果が報告される矛盾を、腸内細菌による代謝物生成と腸-脳軸の観点から整理。クルクミンが腸内細菌を整え、腸内細菌がクルクミンから活性代謝物を作る、という双方向の相互作用を提示。

International Journal of Molecular Sciences 2022。腸内細菌が食物繊維を発酵して作る短鎖脂肪酸（SCFA）と、インスリン抵抗性・肥満・2型糖尿病との関連を整理した総説。食事→微生物→代謝の鎖をLoam視点で読む。

Journal of Food Biochemistry 2022 レビュー。フラボノイド・リグナン・スチルベン・フェノール酸の4大ポリフェノール群を、抗酸化・抗炎症・心血管保護・糖代謝・免疫制御の観点で整理。効果の鍵は腸内細菌との双方向関係：ポリフェノールが細菌を整え、細菌がポリフェノールを活性代謝物に変える。免疫制御と腸内細菌の接点を食事成分から読む入門レビュー。

Nutrients 2023 レビュー。炎症性腸疾患（IBD）における現在の栄養療法（EEN・CDED・SCD・地中海食・IBD-AID 等）を比較し、寛解維持と長期持続可能性の観点から整理したレビュー。

腸内細菌は食事から摂ったトリプトファンを、気分を整えるセロトニン経路と神経炎症に関わるキヌレニン経路へ振り分ける。Ribeiro 2022 総説をもとに、腸-脳軸でこの代謝バランスがどう調節され、地中海食や発酵食品がうつ症状・免疫機能にどう寄与しうるかを臨床栄養の視点で解説。

Gastroenterology 2021。イスラエル DIRECT-PLUS 試験の付帯研究。減量後にリバウンドが起きやすい時期に、自分の「やせ期」の糞便を凍結カプセル化して飲み直す自己糞便移植（aFMT）を実施。高ポリフェノールの緑地中海食群でのみ、体重リバウンドとインスリン再上昇が有意に抑制された。食事と FMT の相乗効果を示した画期的な RCT。

Frontiers in Nutrition 2021。ポリフェノールが腸内細菌に対して抗菌作用とプレバイオティクス作用を同時に持つことを提案。著者らは『duplibiotic』という新しい用語でこの二重機能を定義した。

Nat Rev Microbiol 2024。地理・食文化・食事パターン（地中海食、高繊維、植物性、高タンパク、ケトジェニック、西洋食）が腸内細菌の組成・機能・多様性をどう動かすかを総説。

J Agric Food Chem 2009。食品フェノール化合物が腸内細菌によって代謝される経路（脱グリコシル化・脱メチル化・脱ヒドロキシ化）と、逆にフェノールが腸内細菌組成を選択的に修飾する双方向相互作用を整理した古典的レビュー。

Frontiers in Endocrinology 2020。腸内細菌が食物繊維を発酵して作る短鎖脂肪酸（SCFA）が、神経・免疫・内分泌の多経路を介して脳と双方向に通信するという総説。Loam読者向けに要点を整理する。

Critical Reviews in Food Science and Nutrition 2025 レビュー（共著者に Cryan）。ポリフェノールは吸収率が低くても腸内細菌が代謝して神経保護物質を作る。さらに腸内細菌には日周リズムがあり、ポリフェノール代謝にも時間依存性がある。食事タイミング・腸内細菌・ポリフェノール・脳の4者関係を統合した最新レビュー。

J Gerontol A 2018。地中海食が心血管疾患・2型糖尿病・がん・不整脈の予防に寄与する代謝・分子機序を、脂質改善・抗酸化・炎症抑制・栄養感知経路・腸内細菌の5つの軸で整理したレビュー。

Ageing Research Reviews 2017。加齢にともない腸内細菌の多様性は低下し、免疫老化・慢性炎症（inflammaging）と絡み合って老化を進めることが示唆されている。プロバイオティクス・プレバイオティクス・糞便移植で、この流れに介入できる可能性を整理した総説。

Nature Medicine 2021。ナース健康調査 II の 307 人で、地中海食遵守と心代謝リスクの関連が腸内細菌組成で修飾されることを示した。P. copri が少ない人で、地中海食の保護効果がより強く観察された。

Cell 2021。スタンフォードのランダム化比較試験。健常成人を高繊維食群と高発酵食品食群に分け17週間介入。発酵食品群では腸内細菌の多様性が有意に上昇し、炎症マーカーが低下した。『発酵食品をしっかり食べる』ことの実証的な根拠を示した決定的論文。

Nat Rev Gastroenterol Hepatol 2019。大腸がんの発症・進展において腸内細菌が関与する機序を『ドライバー菌』『パッセンジャー菌』仮説で整理し、臨床応用への道筋を示したレビュー。

Nat Rev Clin Oncol 2023。大腸がん（CRC）の発症・進展・治療応答における腸内細菌の役割を、発がん機序・バイオマーカー・治療抵抗性・免疫療法応答の観点から総説。

Microbiome 2021。マウス大腸炎モデルで、経口 EGCG（緑茶カテキン）が腸内細菌叢を変え、Akkermansia と SCFA 産生菌を増やして炎症を緩和した。糞便移植で効果が移植可能なことも確認。

ACS Nano 2023。ポリスチレン・マイクロプラスチック（MPs）を飲み込んだマウスでは、Akkermansia など有益菌が減り、腸→肝軸を介して肝炎と線維化が進んだ。抗生物質投与と糞便移植で、MPsによる肝障害の大部分が腸内細菌を介していることを示した実験を、土壌アナロジーで読む。

Science 2011。98人の食事履歴と腸内細菌を比較。動物性食品中心は Bacteroides 優位、食物繊維中心は Prevotella 優位のエンテロタイプを形成。短期介入では動かない、安定した『腸のタイプ』の存在を示した古典的論文。

Nature 2013。ヒト腸内細菌から17株のクロストリジウム属を選抜しマウスに定着させると、制御性T細胞（Treg）が誘導され大腸炎が軽減。日本発の画期的研究。腸内細菌と免疫制御の決定的証拠を示した論文を、有機農家の視点で読む。

mSystems 2018。1万人以上の市民科学プロジェクト。週に食べる植物の種類数と腸内細菌多様性が最も強く相関した。『週30種の植物』という実践目標の原点となった、オープンサイエンスの金字塔。

Cell 2016。繊維が枯渇すると、腸内細菌は宿主の腸粘液ムチンを分解し始め、粘液バリアが薄くなり、病原体感受性が上がる。14菌種を定着させたグノトバイオートマウスで、食事繊維→粘液層の因果を直接示した重要論文。

Nature 2016。低繊維食を与えたマウスでは腸内細菌の多様性が失われ、元の食事に戻しても完全には回復しない。4世代続けると絶滅する菌種が出る。腸内生態系の不可逆性を示した決定的論文を、有機農家の視点で読む。

Nature 2014。動物性食と植物性食の短期切替えで、人間の腸内細菌叢が 1〜4 日で別の状態に遷移することを示した古典的論文。その意味と限界を、有機農家の視点で読み解く。

Nature 2013。日本発の金字塔。腸内細菌が食物繊維を発酵して作る短鎖脂肪酸『酪酸』が、ヒストン脱アセチル化阻害を介して制御性T細胞（Treg）の分化を誘導する分子機構を明らかにした論文。

Science 2016。オランダの大規模コホート1,135人を対象に、食事・薬剤・生活習慣・検査値と腸内細菌組成を広く相関解析。抗生物質・PPIが細菌叢に大きく影響し、繊維と果物・野菜が多様性と正相関することを示した。

Nature 2013。292人のメタゲノム解析により、腸内細菌の遺伝子数（＝多様性の指標）が低い群で肥満・インスリン抵抗性・慢性炎症が有意に高いことを示した古典的論文。

狩猟採集民ハッザ族188人・糞便350サンプルを1年以上追跡した結果、腸内細菌叢は雨季（植物食）と乾季（狩猟肉）で周期的に組成を入れ替えると判明。西洋人でほぼ消えたPrevotellaなどが基盤層として常在していた。Smits 2017（Science）の内容を日本語で解説する。